本中心隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任及秘書,下設兩組、會計室及人事單位,組織架構圖如下(點擊方塊可查閱業務職掌):
中心本部包含主任、秘書,各單位職掌如下:
一、個案管理組 :
掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、社區防疫、社區精神照護、優生保健、中老年疾病防治、長期照護業務及其他個案管理等事項。
二、健康促進組:
掌理學校、職場衛生、婦幼衛生、癌症防治、菸害防制、生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、衛生教育宣導、文書、檔案、出納、總務、財管、研考等事項。
三、兼辦會計室:秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。
四、兼辦人事機構:秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。