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本中心隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任及秘書,下設兩組、會計室及人事單位,組織架構圖如下(點擊方塊可查閱業務職掌):

臺北市健康服務中心組織架構圖 主任  個案管理組  健康促進組  會計室  人事機構

中心本部包含主任、秘書,各單位職掌如下:

一、個案管理組
掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、優生保健、婦幼衛生、中老年疾病防治及其他個案管理等事項。

二、健康促進組
掌理學校衛生、生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、癌症防治、衛生教育宣導及研考、文書管理、庶務、出納等事項。

三、兼辦會計室:秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。

四、兼辦人事機構:秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。