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本區之開發始於清乾隆初年(公元1735年)閩人自大陸福建沿海相率前來基隆河河谷到今之南港里、三重里、東新里一帶墾植,初名之為『大加吶堡南港三重埔』,至日據臺灣後改為『南港』,考『南港』之命名,乃由於本區地理位置適在基隆河之南,且在汐止交界處,有一自然港灣,在基隆河床位淤淺以前,經常有船舶往來其間,促使此一港灣,曾一度發揮了河港的應有功能,而『南港』之命名即由此而來。
南港區位於市郊之東,東側以大坑溪與新北市之汐止區隔溪相望,南以福壽(大坪)山山脊與文山區和新北市深坑區和石碇區為界,西迄松山及信義區,北以基隆河與內湖區為界,總面積共21.8424平方公里轄20里,454鄰,46428戶,約12萬2仟多人口。以往本區以都市型態工業發展為主。本區交通系統公車、捷運、火車便利。目前科學軟體園區、南港展覽館大型國家建設已完成,未來陸續有重大建設會展中心、軟體中心、車站中心、文創中心、生技中心,將帶動本區繁榮發展另一里程碑。
民國94年1月1日起「臺北市南港區衛生所」組織修編改制為「臺北市南港區健康服務中心」,充分發揮社區健康守護者的角色,強化社區保健服務,落實社區健康管理工作,做好家戶健康管理成效,以提升市民服務品質。
臺北市各區健康服務中心組織規程暨編制表修正案,經考試院106年12月13日同意備查,並溯自105年12月3日生效。護理人員編制採護理師及護士共用員額方式,原職公共衛生護士具護理師任用資格者,全面改派護理師。